Von Windows zu Linux

[Gregor2019]

Hallo liebes Delphin-Team,
ich habe einige Szenarien rechnen lassen, die insgesamt eine Rechendauer von 2 Monaten auf meinem Rechner gebraucht haben. Jetzt müssen einige Abänderungen gemacht werden und die Szenarien neu gerechnet werden. Die TU Berlin hat einen "Supercomputer", Cluster, über welche ich diese Szenarien nun rechnen lassen könnte, um nicht weitere 2 Monate warten zu müssen.

Problem: Ich habe bisher auf Windows gearbeitet und der "Supercomputer" benutzt Linux. Meine Frage ist nun, ob ich meine auf Windows erstellten Modelle einfach problemlos auf Linux öffnen kann, sodass alle Einstellungen beibehalten bleiben, oder müsste ich die Modelle auf Linux komplett neu erstellen? Das wäre wichtig vorher zu wissen, da der Zugang zu diesem "Supercomputer" mit einem großen bürokratischen Aufwand verbunden ist.

Eine andere wichtige Frage ist zusätzlich, ob es Befehle gibt für die einzelnen Buttons innerhalb der Benutzeroberfläche? Der Cluster muss über Slurm angesprochen werden. D.h.ich werde nicht selber über den Cluster die Berechnungen durchführen, sondern ich muss dem Cluster die Befehle innrerhalb eines Skripts geben, wie er Delphin öffnen und die Szenarien starten kann. Sind die Befehle für die Softwarebuttons irgendwo dokumentiert, oder kann Delphin nur über die Maus angesteuert werden?

Ich freue mich von Euch zu hören und verbleibe mit freundlichen Grüßen,
Markus.

[fechner]

Hallo,

Ich würde empfehlen nur den Solver auf dem Cluster zu installieren. Die Oberfläche könnten sie auf dem Windows-Rechner lassen. Dann können sie das Projekt bei sich bearbeiten und wenn sie fertig sind alles zum Linux Rechner kopieren (inklusive Materialien und Klima). Dann starten sie den Solver mit dem Projekt über die Kommandozeile. Wie diese aussieht sieht man ja in Delphin im Startmenü rechts. Achten sie auf die Einstellung der zu verwendenden Kerne. Entweder auf 'auto' lassen oder eine Zahl angeben. Wenn sie es auf 'auto' lasse würde der Delphin solver versuchen alle verfügbaren kerne des Clusters zu nehmen die er sieht. Da wir OpenMP zur Parallelisierung nehmen kann ich jetzt nicht sagen wieviele das sind. Probieren sie es aus.

[ghorwin]

Hallo,

von mir gibt es als langjährigem Linux + Windows Mixnutzer noch einen Tipp:

Umlaute in Projekt-, Material- und Klimadateien vermeiden!

Spätestens beim Erstellen von Projektpaketen oder sonstwie gezippten Verzeichnissen gibt
es bei Verwendung vom zip-Format Kodierungsprobleme. Windows verwendet eine anderen Zeichenkodierung (ISO 8859-15) als Linux (UTF-8).

Wenn man darauf achtet, kann man ganz bequem auf der einen Plattform mit der Programmoberfläche arbeiten, ein Programmpaket exportieren und diese auf dem Simulationsrechner mit anderer Plattform entpacken und simulieren.

-Andreas

[Gregor2019]

Sehr geehrtes Delphin-Team,
vielen lieben Dank für diese schnellen Rückmeldungen. Das hilft mir bereits enorm.

Zwei kleine Fragen stellen sich jedoch noch: Um nur den Solver von Delphin zu installieren, muss ich bei den Downloads der Bauklimatik den "RSS - Remote Solver Server Client" runterladen? Und braucht man eine weitere Lizens um den Solver dann auf dem anderen Linux-Computer laufen zu lassen?

LG,
Markus.

[ghorwin]

Hallo Markus,

für die Installation des Solvers unter Linux bitte einfach die Linux-Version vom DELPHIN 6 herunterladen. Das ist eine 7z-Datei und kann unter Linux auf der Commandozeile mit

Code: Alles auswählen

p7zip -d Delphin_6.1.0_linux_2020-07-29.7z

entpackt werden. Ohne Angabe weiterer Argumente wird DELPHIN dann in das Unterverzeichnis `Delphin-6.1` entpackt.

Dann kann man den Solver sofort auf der Kommandozeile im bin-Unterverzeichnis starten, also beispielsweise:

Code: Alles auswählen

Delphin-6.1/bin/DelphinSolver  ~/projects/sim1.d6p

LG,
Andreas

[Gregor2019]

Lieber Andreas,
vielen lieben Dank für die schnelle Antwort. Die genaue Nennung der Befehle wird mir sehr weiterhelfen!
Letzte Frage wäre aber, ob eine Lizens gebraucht wird für den Linux-Computer. Oder kann der Solver ohne Lizens über die Befehle angesprochen werden?

Einen schönen Wochenanfang,
Markus.

[ghorwin]

Hallo Markus,

Letzte Frage wäre aber, ob eine Lizens gebraucht wird für den Linux-Computer. Oder kann der Solver ohne Lizens über die Befehle angesprochen werden?

Sorry, hatte ich vergessen nochmal explizit zu schreiben. Technisch ist keine Lizenz notwendig - der Rechenkern/Kommandozeilensolver benötigt keine Aktivierung. Auch ist die Ausführung des Solvers parallel auf mehreren Rechnern von einer regulären Desktop-Lizenz abgedeckt. Man kann also gerne seine Simulationsjobs auf beliebig viele Rechenknechte verteilen (was bei größeren Projekten auch durchaus notwendig sein kann).

-Andreas

[Gregor2019]

Das sind gute Nachrichten. =)

Vielen lieben Dank und schönen Tag noch,
Markus.

[Gregor2019]

Liebes Delphin-Team,
leider habe ich jetzt doch noch ein Problem mit der Ausführung eines Skripts. Folgendes ist mein Sbatch-Skript für den Cluster:
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#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Delphin_Test
#SBATCH -D /beegfs/home/users/m/markus.gregor-1990
#SBATCH -o /beegfs/home/users/m/markus.gregor-1990/Delphin_Test.out
#SBATCH --partition=standard
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem=5G
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --mail-user=user@universität.de

module load Delphin-6.1/bin/DelphinSolver

srun /beegfs/home/users/m/user/Delphin-6.1/bin/DelphinSolver /beegfs/home/users/m/user/Delphin_Test/Delphin_Test.d6p --verbosity-level=1

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In dem ~.out file kann ich anschließend lesen, dass für den Solver keine Erlaubnis gegeben wurde (permission denied). Daher zum einen die Frage, ob ich ggf grobe Fehler in meinem Sbatch-Skript habe und zum anderen ob es eine generelle Erklärung für permission denied Meldung gibt? Zur Information: Ich habe die Linux-Version heruntergeladen und auf meinem Pc entzippt und dann auf den Cluster verschoben (die Zip-Datei konnte ich mit dem Command "p7zip -d Delphin_6.1.0_linux_2020-07-29.7z" leider nicht direkt auf dem Cluster entpacken, daher der Umweg). Könnte das auch ggf das Problem sein?

LG,
Markus.

[ghorwin]

Hallo Markus,

gib zusätzlich das Kommandozeilenargumen --output-dir="/path/to/writable/directory" an, sodass der Solver auf jedenfall ein beschreibbares Verzeichnis für die Ergebnisdaten/Logs hat.

-Andreas